Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para montagem e prospecção de genomas selvagens visando o melhoramento de arroz
Resumo
O arroz é um dos mais importantes grãos em termos de valor econômico
no mundo, essa cultura possui grande importância para os países em
desenvolvimento, tanto pelo aspecto cultura, quanto sob o ponto de vista social
e econômico, pois este é considerado um dos alimentos com melhor
balanceamento nutricional, extremamente versátil, que se adapta a diferentes
condições de solo e clima, sendo a espécie de maior potencial de aumento de
produção para o controle da fome no mundo. Apesar da contribuição dada
pelos marcadores moleculares no incremento do melhoramento genético
vegetal, o aumento da disponibilidade de dados referentes a regiões
genômicas sequenciadas e de análises de transcriptomas, possibilitaram um
grande avanço em pesquisas de melhoramento genético. Esse fato fez com que a Bioinformática se tornasse uma ferramenta essencial para o tratamento de dados genômicos. O objetivo geral desse trabalho é gerar uma ferramenta que possa contribuir para os trabalhos com montagens de genomas, e montar o genoma da espécie Oryza glumaepatula. O primeiro capítulo aborda uma revisão bibliográfica sobre o arroz, tanto sobre as espécies cultivadas como as selvagens. O segundo capítulo apresenta a ferramenta AREOS, que tem como objetivo proporcionar a avaliação e a comparação de programas de montagem de genomas, proporcionando aos pesquisadores que irão trabalhar com esses dados, inferir sobre os resultados desses programas. O terceiro e último capítulo apresenta a montagem do genoma de arroz selvagem Oryza glumaepatula. Com a realização desse trabalho, foi desenvolvido o programa AREOS que simula uma sequência de referência e leituras de sequenciamento da plataforma Solexa da Illumina. Além disso, o genoma de O. glumaepatula(GEN 1233) foi sequenciado e montado. A montagem parcial do genoma dessa espécie possui um total de 292.860 scaffolds com 412M bases.