Caracterização in silico de microssatélites no genoma do arroz e análise comparativa com outras espécies vegetais.
Resumo
Marcadores moleculares têm sido utilizados com sucesso em mapeamento genético
e seleção assistida como uma ferramenta auxiliar para o melhoramento de plantas e
transferência de informações entre espécies relacionadas. Neste sentido, o
entendimento da ocorrência de microssatélites no genoma nas diferentes espécies
melhoradas como trigo, arroz e milho pode ser utilizado no sentido da melhoria do
conhecimento básico das espécies gramíneas descritas como “orfãs”. O arroz, após
a conclusão do seqüênciamento do seu genoma, tem sido proposto como modelo
genético entre as gramíneas. Dentre os diferentes tipos de marcadores moleculares,
os microssatélites são indicados como a classe preferida para estes estudos. De
maneira geral, as estratégias de transposição de marcadores moleculares entre
espécies ainda apresentam algumas dificuldades e questionamentos referentes os
padrões mais conservados de microssatélites entre espécies, genêro e famílias
vegetais. Este estudo teve como objetivo, o uso de ferramentas de bioinformática
para caracterizar microssatélites oriundos do genoma do arroz e outras espécies,
possibilitando predizer padrões de microssatélites mais promissores na
transferência. Três estudos foram realizados. O primeiro consistiu no
desenvolvimento e validação de uma ferramenta para localização de microssatélites,
desenho de iniciadores e simulação da PCR. Foi utilizado um banco de dados
contendo 28.469 seqüências fl-cDNA de arroz japonica. Do total de 3.907 loci
encontrados, foram desenhados 3.329 conjuntos de iniciadores e testados pela
simulação da PCR, mostrando que somente 2.397 (72%) iniciadores amplificaram
regiões específicas. No segundo estudo foi analisada a ocorrência de microssatélites
em regiões expressas de dez espécies de três diferentes famílias de plantas. Os
resultados indicaram a freqüência e padrões de microssatélites dentro e entre as
diferentes famílias. No terceiro estudo foi feita a caracterização de microssatélites no
genoma completo do arroz. Os resultados mostraram um conservado padrão de
ocorrência dos diferentes microssatélites nos diferentes cromossomos e quais os
arranjos foram os mais abundantes. Inferências sobre quais elementos permitem a
melhor cobertura do genoma foram discutidas.