Sequenciamento, montagem e anotação do genoma de um novo isolado de Leptospira borgpetersenii
Date
2012-02-27Metadata
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A leptospirose é uma zoonose negligenciada com distribuição global. A doença é causada por bactérias patogênicas do gênero Leptospira, as quais acometem humanos e vários animais domésticos e silvestres, acarretando graves problemas à saúde humana e prejuízos na pecuária. O presente trabalho teve como objetivo sequenciar o genoma da Leptospira borgpetersenii sorogroupo Ballum cepa 4E, isolada de camundongo doméstico (Mus musculus), um dos principais reservatórios deste gênero. A sequência completa do genoma foi determinada através do sistema SOLiDTM, onde foram obtidas mais de 85 milhões de leituras com tamanho de 50 pb
cada. Essas leituras foram utilizadas para obtenção de scaffolds dos dois cromossomos presente neste organismo, através de montagem ab initio com os softwares Velvet e Edena; e posterior orientação das contigs com o software G4All. Com a conclusão da montagem, o cromossomo maior apresentou o tamanho de 3.071.053 pb, 40,58% de conteúdo GC, 36 tRNA, 4 rRNA e 2.908 fases de leitura abertas (ORF). Para o cromossomo menor o total de bases foi de 305.940 pb,
conteúdo GC de 40,25%, 277 ORFs, nenhum tRNA e rRNA foram preditos. Foi observada uma redução do cromossomo maior da cepa 4E em ralação ao cromossomo maior da cepa L550, onde 99 genes da cepa L550 não estão presentes
na cepa 4E e cerca de 394 kb de região não codificante também foi perdida. A principal hipótese para a redução é o efeito da presença de um grande número de elementos móveis, processo observado no genoma de outras cepas da espécie L.
borgpetersenii. O método Applied Biosystems SOLiD 4 permitiu a determinação da sequência do genoma de L. borgpetersenii cepa 4E, com ampla cobertura e acurácia. Os metodos de montagem ab initio utilizados proporcionaram aproveitar ao máximo as sequencias geradas.