Análise in sílico de proteínas relacionadas a sementes e identificação de microssatélites através da bioinformática
Resumo
Dentre os principais componentes de reserva de uma semente destacam-se os
carboidratos, os lipídeos e as proteínas. Além da função nutritiva, as proteínas têm
diversas funções importantes nas sementes, sendo integrantes da biologia molecular da
planta. O conhecimento detalhado das proteínas possibilita que sejam adotadas
estratégias de melhoramento genético visando aumento de produção, resistência a
patógenos, etc... Avanços na biologia molecular, genômica e proteômica impulsionaram a
criação de um grande volume de dados sobre proteínas de diversas espécies vegetais,
com informações sobre a sua funcionalidade nos diversos tecidos e órgãos. Para utilizar
essas informações, é imprescindível a utilização de ferramentas computacionais. Essa
necessidade impulsionou o surgimento e o desenvolvimento da bioinformática, que é a
utilização de ferramentas computacionais para o estudo de dados biológicos. O objetivo
deste trabalho foi quantificar as proteínas relacionadas às sementes já descritas e
disponíveis no banco Swiss-Prot, e verificar a similaridade e padrão de hidrofobicidade
das proteínas de mesma função em espécies diferentes. Para isso, foi feita uma consulta
detalhada no banco de dados Swiss-Prot em busca de proteínas encontradas em
sementes, plântulas e seus diversos tecidos. As seqüências encontradas foram
agrupadas por tecido, sendo selecionadas e analisadas aquelas expressas no epicótilo,
camada de aleurona, coleóptilo, cotilédones, endosperma, hipocótilo, mesocótilo, semente
imatura, plântula e semente. Realizou-se alinhamentos entre as seqüências com função
similar encontradas em diferentes órgãos e em diferentes espécies para verificar a
similaridade existente entre as mesmas. Estudou-se a hidrofobicidade/hidrofilicidade nas
proteínas encontradas, buscando identificar padrões. Existem 450 proteínas relacionadas
a sementes depositadas no banco de dados Swiss-Prot.Oryza sativa, Zea mays,
Arabidopsis thaliana, Triticum aestivum, Hordeum vulgare, Glycine max são espécies que
possuem um maior número de proteínas de sementes estudadas. Não há um padrão de
similaridade nas seqüências de aminoácidos das proteínas de mesma função