Avaliação Genômica da pigmentação ocular, pelame e caracterização racial nas raças Hereford e Braford
Abstract
O presente estudo teve como objetivo estimar parâmetros genéticos utilizando um modelo animal de limiar através da metodologia tradicional (pedigree e fenótipo), genômica (single-step, Bayes C𝜋, Bayes B e Bayes A), e mensurar os ganhos em
acurácia para predição de valores genéticos com a incorporação de informações genômicas de painéis completos de polimorfismos de base única (SNPs) ou painéis reduzidos contendo SNPs mais representativos, para as características de
pigmentação ocular (PO), pelame a desmama (PelD) e ao sobreano (PelS) e caracterização racial (CR) nas raças Hereford e Braford. Foram utilizados dados fenotípicos de animais nascidos entre os anos de 1991 e 2014, provenientes do programa de melhoramento genético Conexão Delta G, totalizando 73.615 observações para PO, 81.043 para PelD e 41.390 PelS, e 28.186 para CR, juntamente com dados de pedigree de 169.839 animais e genótipo de 3.954 animais com um total de 41.011 marcadores SNPs. Os valores de variância genética e residual encontrados possibilitaram a obtenção de herdabilidades de média a alta magnitude para PO (0,46±0,02; 0,46±0,02), PelD (0,44±0,03; 0,44±0,03), PelS (0,42±0,02; 0,41±0,02) e CR (0,33±0,02; 0,32±0,02) através dos métodos tradicional e genômico, respectivamente. As correlações genéticas (rg) encontradas entre todas características foram de baixa magnitude (-0,24<rg<0,30), exceto entre PelD e PelS (0,62). O uso de informações genômicas permitiu a predição de valores genéticos de forma mais acurada com ganhos em acurácia de 0,28 e 0,14 para PO, 0,13 e 0,07 para PelD, 0,16 e 0,30 para PelS e 0,10 e 0,04 para CR, para grupos k-means e aleatórios, respectivamente. Através do estudo de associação ampla do genoma (GWAS) foi possível a identificação de regiões genômicas e SNPs responsáveis por
maior proporção da variância genética para as características. A metodologia empregada para seleção dos SNPs mais representativos teve sua precisão comprovada pelos ganhos na acurácia de predição dos valores genéticos quando utilizados painéis reduzidos contendo 159 SNPs para PO, 88 SNPs para PelD, 122 SNPs para PelS e 40 para CR, e obtidas acurácias de 0,89 e 0,87, 0,77 e 0,87, 0,80 e 0,88 e 0,35 e 0,38 para grupos k-means e aleatórios, respectivamente. Desta forma, é possível a obtenção de ganhos genéticos mediante a seleção para as características em estudos, sendo que a predição dos valores genéticos é realizada de forma mais acurada com o uso de informações genômicas, principalmente quando utilizados painéis reduzidos de SNPs identificados como mais representativos.